Первоначально это были камни, которые ставились монахами и отшельниками под струи водопадов горных ручейков. За долгое время в камнях образовывались углубления, достаточные для зачерпывания руками воды. Ценились такие цукубаи весьма дорого и, естественно, при такой технологии, камней на всех не хватало.

Традиционный квадратно - круглый вид цукубаи приобрели в 10 веке, по аналогии с китайскими монетами, которые имели хождение в Японии. Теперь цукубаи изготавливаются вручную из природного камня.

Очень важно окружение источника, рядом с которым сооружались цукубаи. Это самое выразительное место в саду чайных церемоний. Здесь важна каждая травинка, каждый листочек, расположение камней, игра света, журчание воды. Подбор растений производят так, чтобы сад имел четыре вида по времени года: зимой снег падает на восковые цветы камелий, весной ― нежные цветы сакуры и буйство цветущих азалий, летом ― лиловый дождь свисающих цветок глицинии, осенью ― багряные листья клена. Весь замысел чайных садов подчинен тому, чтобы настроить посетителя на чайную церемонию и показать красоту изменяющейся природы.

Известна история о великом мастере чайной церемонии Сэн-но Рикю (XVI в.) и его сыне. Рикю поручил сыну убрать сад. Тот добросовестно подмел там, вымыл фонари, камни, дорожки, но отец каждый раз говорил, что убрано еще несовершенно. Когда сын уже не знал, что делать, Рикю подошел к алевшему осенней листвой клену и тряхнул его. Яркие звездочки кленовых листьев придали всему саду одухотворенную поэтичность.